Laboratorio de Genómica

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El empleo de técnicas genómicas basadas en el estudio del ADN supone una herramienta muy potente para detectar e identificar las especies presentes en una muestra de interés, independientemente de su procedencia.

Así, este tipo de técnicas pueden aplicarse a un amplio tipo de muestras, incluyendo muestras ambientales de agua, sedimento, suelo u organismos, y muestras procedentes del sector agroalimentario.
 

Las metodologías genómicas suponen un avance en las técnicas analíticas, una reducción de los tiempos de análisis y una mayor exactitud de los resultados.

Análisis a través de la genómica

1

Caracterización de comunidades biológicas.

2

Detección de especies.

3

Detección de bacterias y genes resistentes a antibióticos.

4

Identificación de especies.

Metodologías Genómicas

Secuenciación de ADN “Sanger”

Metodologías Genómicas

Secuenciación masiva “NGS”

Metodologías Genómicas

qPCR en Tiempo Real (qRT-PCR)

Metodologías Genómicas

Análisis de calidad de ácidos nucleicos

Metodologías Genómicas

Otras

Estudio de microsatélites mediante PCR y electroforesis capilar. Identificación de especies y sus variedades genéticas mediante el uso de microsatélites, llamados también SSR (Simple Sequence Repeat) o STRs (Short Tandem Repeat).
Secuenciación de genomas de pequeño tamaño “max 5 Mb” (bacterias, arqueas, virus, etc.)
Secuenciación de regiones génicas concretas mediante amplificación por PCR y posterior secuenciación. Aplicación en secuenciación del gen S de Sars-CoV-2.

Genómica

01. Identificación de especies por DNA barcoding.

Identificación taxonómica de especies híbridas, especies invasoras, etc.

02. Monitorización de la biodiversidad por DNA metabarcoding.

Biomonitorización en sistemas acuáticos. Cálculos de índices de biodiversidad a partir de datos moleculares. Hacer hincapié en base a la experiencia a macroinvertebrados, diatomeas y peces.

03. Detección de especies a partir de DNA ambiental mediante PCR.

Presencia/ausencia de especies indicadoras/invasoras en sistemas acuáticos.

04. Cuantificación de especies a partir de DNA ambiental mediante qPCR.

Mejillón cebra, como ejemplo de especie invasora.

01. Estructura de la comunidad microbiana del suelo y planta.

Rizosfera y la filosfera. Hongos y bacterias.
Evaluación metabólica (PiCrust).

02. Monitorización de inoculantes microbianos en suelo por qPCR.

03. Identificación mediante DNA barcoding de bacterias y hongos para el registro biofertilizante.

04. Estudio de la actividad microbiana mediante cuantificación de la expresión génica.

05. Caracterización completa de bacterias y hongos mediante secuenciación del genoma.

Conocimiento de las diferencias entre cepas registradas.
Whole genoma sequencing, mirar dónde incluirla.
Identificación de genes de resistencia de genes de resistencia y factores de virulencia.

06. Screening de cepas bacterianas mediante PCR.

01. Caracterización de la comunidad procariota en EDARs para la mejora de los procesos de tratamiento.

02. Identificación y caracterización de los principales grupos patógenos: Vibrio, Legionella, Campylobacter.

03. Identificación mediante DNA barcoding de bacterias y hongos para el registro biofertilizante.

04. Estudio de la actividad microbiana mediante cuantificación de la expresión génica.

05. Caracterización completa de bacterias y hongos mediante secuenciación del genoma.

Rizosfera y la filosfera. Hongos y bacterias.
Evaluación metabólica (PiCrust).

06. Screening de cepas bacterianas mediante PCR.

01. Evaluación de los genes de resistencia y factores de virulencia de starters alimentarios.

02. Verificación de materias primas por DNA barcoding.

FOodVAC en ternera

03. Identificación de ingredientes alimentarios mediante DNA metabarcoding. Carne, pescado, productos veganos, productos procesados (hamburguesa, surimi, etc.).

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